在人體體表和與外界相通的腔道中經常寄居著大量的微生物, 通稱為正常微生物群或正常菌群。其對人體是必需的, 絕大部分是有益無害的。
一個健康成年人大約有1×1013個體細胞, 而全身定植的正常微生物總數高達1×1014個,主要分布于皮膚、口腔 、消化道、 呼吸道和泌尿生殖道。女性下生殖道為開放性腔道,是人體內重要微生態區, 女性陰道微生態體系是由陰道內的微生物菌群、周期性的內分泌變化、陰道的局部免疫和陰道解剖結構共同組成,其中陰道菌群是陰道微生態研究的核心內容。
陰道微生態已成為一門獨立的學科,受到臨床醫生及醫藥研究者的高度重視。隨著陰道微生態學科的發展,陰道微生態學正在從保健醫學邁向治療醫學和預防醫學。